Лаборатория молекулярной онкологии – молодое подразделение ФГБУ «НМИЦ ДГОИ имени Д. Рогачева» Минздрава России, созданное 1 июля 2019 года с целью обеспечения молекулярно-генетической диагностики солидных опухолей у детей и проведения научных исследований в данной области. Опухоли центральной нервной системы и экстракраниальные солидные опухоли составляют большинство онкологических заболеваний у детей и подростков, характеризуясь при этом значительным разнообразием нозологических форм и клинических проявлений. Дифференциальная диагностики некоторых из них возможна только с помощью выявления специфических молекулярно-генетических маркеров, поскольку опухоли имеют сходное морфологическое строение и иммунофенотип. Определение диагностических маркеров – патогномоничных генетических аберраций составляет первую задачу лаборатории.
Внутри одной группы опухоли могут иметь различную агрессивность, что напрямую влияет на прогноз заболевания. Для проведения риск-адаптированного лечения необходимо выявление прогностических биологических (в том числе, молекулярно-генетических) маркеров в дебюте заболевания. Такой подход позволяет проводить агрессивное многокомпонентное лечение пациентов групп высокого риска и редуцировать интенсивность терапии у пациентов с прогностически благоприятными опухолями, благодаря чему удается добиваться максимальной эффективности лечения и избегать избыточной токсичности.
Ряд пациентов групп высокого риска являются кандидатами для проведения индивидуализированного лечения, поскольку они исчерпали запас эффективности стандартных методов терапии. Тактика лечения подбирается на основании биологических свойств опухоли – мутаций, запустивших онкогенную трансформацию клетки и поддерживающих ее злокачественный фенотип. Такая терапия носит название молекулярно-направленной или таргетной, она эффективна только при наличии мишени – активированного онкогена или блокированного онкосупрессора. Выявление маркеров чувствительности к препаратам молекулярно-направленной терапии (предиктивных маркеров) составляет третью задачу лаборатории.
Для достижения указанных задач в лаборатории используется полный спектр современных методов исследования нуклеиновых кислот – ПЦР в режиме реального времени, цифровая капельная ПЦР, множественная лигазно-зависимая амплификация зондов (MLPA), секвенирование ДНК по Сэнгеру, гибридизация ДНК и РНК на чипах высокой плотности, высокопроизводительное секвенирование таргетных панелей генов, секвенирование РНК.
В рамках клинической и научной деятельности в лаборатории осуществляется:
Отдельным направлением деятельности, осуществляемом в содружестве с лабораторией молекулярной биологии, является исследование наследственной предрасположенности к онкологическим заболеваниям. В лаборатории молекулярной онкологии осуществляется поиск несбалансированных геномных аберраций и аномалий числа копий генов, ассоциированных с риском развития злокачественных опухолей.
Сотрудничество: Лаборатория молекулярной онкологии в рамках осуществления первичной молекулярно-генетической и референс-диагностики сотрудничает с большинством центров детской онкологии и гематологии России. Лаборатория имеет близкие и активно развивающиеся международные научные контакты с Princess Máxima Center for Pediatric Oncology (Утрехт, Нидерланды), Uniklinik Köln (Кёльн, Германия) в области диагностики нейробластомы, National Center for Child Health and Development (Токио, Япония) – исследование сарком мягких тканей, Children's National Hospital (Вашингтон, США) – анализ опухолей ЦНС.
Участие в конференциях: Сотрудники лаборатории регулярно принимают участие в профильных национальных и международных конференциях, представляя результаты работы в виде постерных или устных сообщений. Среди крупных форумов можно выделить Российский онкологический конгресс, Международный онкологический форум «Белые ночи», конгрессы Международного общества детских онкологов (SIOP), Американской ассоциации по исследованию рака (AACR), Европейского общества генетики человека (ESHG), Международный симпозиум по детской нейроонкологии (ISPNO).
Публикации: результаты научной работы сотрудников лаборатории публикуются в основных профильных российских и зарубежных периодических изданиях, таких как «Вопросы онкологии», «Вопросы гематологии/онкологии и иммунопатологии в педиатрии», «Успехи молекулярной онкологии», «Pediatric Blood and Cancer», «Journal of Cancer Research and Clinical Oncology», «Journal of Clinical Oncology – Precision Oncology

| ПЕРЕЧЕНЬ ГЕНОВ И ГЕНЕТИЧЕСКИХ ЗАБОЛЕВАНИЙ, ДИАГНОСТИРУЕМЫХ ОТДЕЛЕНИЕМ МОЛЕКУЛЯРНОЙ ОНКОЛОГИИ* (К П.58 ) | |||||
| Заболевание | Kод услуги | Названия генов | Метод исследования | Количество исследований на 1 образец | Стоимость исследования (руб.) |
| Выявление соматических мутаций. Материал - ткань опухоли в парафиновом блоке | |||||
| Нейробластома | 58.5.1 | Делеции 1p, 2q, 3p, 9p, 11q, увеличение числа копий (амплификации) 2p (MYCN, ALK), 17q, несбалансированные аберрации хромосом 4,7,12,14 | MLPA | 3 | 42 900 |
| 58.7.1 | Мутации в генах, значимых для НБ (ALK, ATRX, CDKN2A, CDKN2B, CIC, FGFR1, HRAS, KRAS, NF1, NRAS, PHOX2B, PTPN11, TP53, TERT, MET) | NGS Qiageq | 1 | 72 800 | |
| 58.9.4 | Определение поражения костного мозга на основании экспрессии генов PHOX2B, TH, DCX | ПЦР с обратной транскрипцией | 4 | 9 600 | |
| Нефробластома и другие опухоли почек (за исключением рабдоидных) | 58.5.2 | Делеции 1p, 16q, увеличение числа копий 1q | MLPA | 1 | 14 300 |
| 58.7.2 | Мутации в генах, значимых для нефроблатомы (TP53, DICER1, DROSHA, WT1, FBXW7, CTNNB1) | NGS Qiageq | 1 | 72 800 | |
| Рабдомиосаркома | 58.9.1 | Определение экспрессии химерных генов PAX3-FOXO1, PAX7-FOXO1 | ПЦР с обратной транскрипцией | 3 | 7 200 |
| 58.7.3 | Мутации в генах, значимых для рабдомиосаркомы (TP53, MYOD1, MAP2K1, MAP2K2, KRAS, HRAS, NRAS) | NGS Qiageq | 1 | 72 800 | |
| Саркома Юинга | 58.9.2 | Определение экспрессии химерных генов с участием EWSR1 | ПЦР с обратной транскрипцией | 7 | 16 800 |
| Остеогенная саркома | 58.5.3 | Амплификация генов MDM2, CDK4 | MLPA | 1 | 14 300 |
| Злокачественная опухоль из оболочек периферических нервов | 58.5.4 | Делеция гена NF1 | MLPA | 3 | 42 900 |
| 58.7.4 | Мутации в гене NF1, TP53, CDKN2A, BRAF | NGS Qiageq | 1 | 72 800 | |
| Злокачественные рабдоидные опухоли | 58.5.5 | Делеции гена SMARCB1 | MLPA | 1 | 14 300 |
| 58.7.5 | Мутации в генах SMARCB1, SMARCA4 | NGS Qiageq | 1 | 72 800 | |
| Медуллобластома | 58.5.6 | Аномалии числа копий хромосом 1-11, 14, 16, 17, 20 | MLPA | 4 | 57 200 |
| 58.7.6 | Мутации в генах, значимых для медуллоблатомы (TP53, CTNNB1, PTCH1, SUFU, ATRX, SMO, TERT, SMARCA4) | NGS Qiageq | 1 | 72 800 | |
| Глиомы низкой степени злокачественности | 58.9.3 | Определение экспрессии химерных генов с участием BRAF (KIAA 1549- BRAF) | ПЦР с обратной транскрипцией | 3 | 7 200 |
| 58.7.7 | Мутации в генах, значимых для глиомы низкой степени злокачественности (TP53, BRAF, TERT, ATRX, FGFR1, IDH1, IDH2, MAP2K1, MAP2K2) | NGS Qiageq | 1 | 72 800 | |
| Олигодендроглиома | 58.7.8 | Мутации в генах, значимых для олигодендроглиомы (NOTCH1, IDH1, IDH2) | NGS Qiageq | 1 | 72 800 |
| Высокозлокачественные глиомы | 58.5.8 | Аномалии числа копий генов BRAF, IDH1, IDH2, FGFR1, MYB, MYBL1, CDKN2A | MLPA | 1 | 14 300 |
| 58.7.9 | Мутации в генах, значимых для злокачественных глиом (TP53, BRAF, TERT, ATRX, EGFR, IDH1, IDH2, H3F3A, HISTH3B, POLD, POLE) | NGS Qiageq | 1 | 72 800 | |
| 58.8.3 | Мутации K27M в гене H3F3A | ПЦР | 1 | 5 850 | |
| Эпендимома | 58.5.9 | Аномалии числа копий хромосомы 1q | MLPA | 1 | 14 300 |
| Фибромиксоидная саркома низкой степени злокачественности | 58.9.5 | Определение экспрессии химерных генов FUS -CREB3L1 и FUS -CREB3L2 | ПЦР с обратной транскрипцией | 10 | 24 000 |
| Инфантильная фибросаркома | 58.9.6 | Определение экспрессии химерного гена ETV6 -NTRK3 | ПЦР с обратной транскрипцией | 1 | 2 400 |
| Исследование драйверных мутаций в ткани опухоли | 58.7.10 | NGS Qiageq | 1 | 72 800 | |
| Исследование маркеров чувствительности опухоли к молекулярно-направленной (таргетной) терапии | 58.7.11 | NGS Qiageq | 1 | 72 800 | |
| Мутации, выявляемые при различных видах онкологических заболеваний | 58.8.2 | Мутация V600E в гене BRAF | ПЦР | 1 | 5 850 |
| 58.8.4 | Поиск мутаций в гене KRAS (экзоны 2,3,4), NRAS (экзоны 2,3,4) | ПЦР | 2 | 11 700 | |
| 58.8.5 | Поиск мутаций в гене IDH1(экзон 4), IDH2(экзон 4) | ПЦР | 2 | 11 700 | |
| Выявление герминальных мутаций. Материал - периферическая кровь / буккальный эпителий | |||||
| Туберозный склероз | 58.5.10 | Делеции генов TSC1, TSC2 | MLPA | 2 | 28 600 |
| Анемия Фанкони | 58.5.29 | Делеция гена FANCA | MLPA | 1 | 14 300 |
| Синдром конституционального дефицита восстановления комплементарных пар нуклеотидов | 58.6.1 | Делеции и аберрантное метилирование генов PMS2, MLH1, MSH2, MSH6 | MLPA, MS-MLPA | 3 | 42 900 |
| Синдром Линча | 58.5.11 | Делеции и аберрантное метилирование генов PMS2, MLH1, MSH2, MSH6 | MLPA | 3 | 42 900 |
| Синдром Пейтца-Егерса | 58.5.12 | Делеции гена STK11 | MLPA | 1 | 14 300 |
| Синдром PTEN-гамартома, синдром Коудена, синдром Банаян-Райли-Рувалькаба | 58.5.13 | Делеции в гене PTEN | MLPA | 1 | 14 300 |
| Синдром наследственной параганглиомы-феохромоцитомы | 58.5.14 | Делеции генов SDHx | MLPA | 2 | 28 600 |
| Наследственная ретинобластома / остеогенная саркома (вторая линия диагностики после секвенирования) | 58.5.15 | Делеции гена RB1 | MLPA | 1 | 14 300 |
| Синдром Ли-Фраумени (вторая линия диагностики после секвенирования) | 58.5.16 | Делеции гена TP53 | MLPA | 1 | 14 300 |
| Синдром предрасположенности к рабдоидным опухолям 1 | 58.5.17 | Делеции гена SMARCB1 | MLPA | 1 | 14 300 |
| Нейрофиброматоз 1 типа | 58.5.18 | Делеции гена NF1 | MLPA | 3 | 42 900 |
| Нейрофиброматоз 2 типа (вторая линия диагностики после секвенирования) | 58.5.19 | Делеции гена NF2 | MLPA | 1 | 14 300 |
| Синдром WAGR / Дениса-Дрэша | 58.5.20 | Делеции гена WT1 | MLPA | 1 | 14 300 |
| Синдром Беквита-Видемана | 58.5.21 | Делеции и аберрантное метилирование генов IGF, H19 | MLPA | 2 | 28 600 |
| Синдром фон Хиппеля-Линдау | 58.5.22 | Делеции гена VHL | MLPA | 1 | 14 300 |
| Валидация данных NGS, поиск мутации у родственников пациента | 58.11.2 | Метод Секвенирование по Сэнгеру | 1 | 5 850 | |
| Код | Наименование | Стоимость |
|---|